La iglesia y exconvento en Atotonilco el Grande fue construido por Fray Juan de Sevilla, quién antes había sido de Metztitlán, en los años de 1542 y 1562.
Dentro de los datos históricos del convento esta el hecho de que al morir el padre venerable, Fray Francisco de la Cruz, el 12 de julio de 1536, se guardó su hábito en la caja de Atotonilco; Fray Francisco era el provincial de este convento (ahora exconvento de Atotonilco) en ese año. Después fue nombrado Fray Jerónimo de San Esteban, fue cuando se emprendió la conversión a la región del cristianismo en toda la Sierra Alta. Sus principales creadores fueron Fray Juan de Sevilla y Fray Antonio de Roa, estos reverendos frailes se encargaron de enseñar la fe cristiana a la mayoría de los otomíes.